Skuteczne leczenie dysbakteriozy jelitowej wymaga po pierwsze postawienia trafnej diagnozy (stwierdzenie obecności bakterii patogennych, drożdżaków, pasożytów w świetle jelit), eliminacji ich przy pomocy skutecznych a jednocześnie nie uszkadzających błony śluzowej preparatów (sorbenty, wyciągi ziołowe, nano koloidy metali), a następnie przywrócenie prawidłowej flory jelitowej przez podanie odpowiednich szczepów bakterii probiotycznych i zapewnienie im odżywek, aby mogły się rozmnażać. Wymaga to także stosowania indywidualnie dobranej diety często wzbogaconej o enzymy, antyoksydanty, witaminy, minerały, probiotyczne jogurty i kefiry domowe.